在開始說明病毒的感染與自我複製的過程前，按照慣例，讓我們先複習一下先前的一張圖：
在這張圖中有著我們之前說明過的所有標示，因此請大家在參考一次。
當病毒粒子成功連接到適當的受體後，接著在核衣殼蛋白（核糖核蛋白複合體，ribonucleoprotein complex，RNP，上圖左上角）保護層內的八個病毒基因組核糖核酸分節（genomic RNA segments）就會會被釋放到細胞質內。在那裡，它們會被傳送至細胞核內作病毒「mRNA（信使 RNA）轉錄」和「基因組 RNA 複製」的工作。這個複雜的過程由病毒及細胞因子微妙地控制。
流感病毒的 RNA 聚合酶是由三個複雜的蛋白質（PB1，PB2 及 PA）所組成，它以細胞的 mRNA 作為引子（primer）用於合成病毒的 mRNA。為了達到這樣的目的，病毒會偷取宿主細胞 RNA 的甲基化蓋頂區（methylated cap region），此段序列有助於病毒在進行自我複製過程時可以有效的結合至核醣體。
所有的基因體分節被轉錄成在 5' 端加上蓋頂（5' capped）以及 3' 端加上聚腺苷序列（3' polyadenylate）的 mRNA，這些 mRNA 將作為各個蛋白質合成的模板。在上述這個過程中，M 和 NS 蛋白質的基因分節除外，它們會經過細胞內酶的修剪而產生兩段不同的 mRNA。接著，mRNA 在細胞質中被譯成蛋白質，HA 與 NA 醣蛋白則被內質網及高基氏體處理。M2 蛋白則嵌入細胞膜，其質子通道發揮了防止高基氏體和其他小泡發生酸化的作用，藉以避免「摺入作用」以及 HA 在細胞間失去活性。接著 HA 和 NA 被送到細胞的表面。
然後，正股 RNA 模板產生各個分節，負股 RNA 基因體則在細胞核內進行複製。分節基因體被送到細胞質與聚合酶及 NP 蛋白形成核殼，並與排列在細胞膜的 M1 蛋白、M2、HA 和 NA 相互作用。病毒基因體則以隨機的方式套上套膜，每個病毒體大約含有 11 個片段。當這些所有的原件集合之後，子代病毒粒子就準備從宿主細胞膜出芽。整個病毒的感染時間大約費時八～十小時左右，接著病毒就會從宿主細胞膜表面出芽（下圖）並釋放。
圖片來源：http://www.faqs.org/health/images/uchr_08_img0817.jpg
基本上，病毒的繁殖總結來說是一個快速（少於十小時）及高效率的步驟。
介紹到這邊，各位對於流感病毒想必又有更深一層的認識與瞭解吧。
接著想問的，我想應該就是有關流感病毒到底有沒有藥物可以治療或是預防吧！筆者猶記先前新聞報導過一則讓我噴飯的消息：吃八角可以治療流感！老天～這真是天大的誤會！其實「吃八角」跟「預防流感」一點關係也沒有。
不過話說回來，「八角」與流感藥物的開發的確有一點點關係，至於是什麼關係呢？此外，如果治療流感的藥物真的不夠，是不是有更快速的合成方法可以製造類似像克流感這類的藥物呢？這些問題我們將留待第四集在為各位分曉。